不少人認為，人們呼出的難聞氣味是口腔疾病或早晨忘了刷牙所致。然而，現代醫學已經證明很多全身性疾病，如肝、肺、腎、胃有病也會引起口臭，如果經常出現要尋找病因。
腐敗味——上呼吸道疾病。
鼻窦炎、扁桃體炎和咽喉炎等上呼吸道疾病都會分泌大量含蛋白質的黏液，部分形成鼻涕，剩下的從鼻道流入口咽部。這些黏液部分黏附於舌根後部或口咽部，當蛋白質分解後，就會產生腐敗味。
酸臭味——胃病。
胃幽門部狹窄或梗阻時，食物在胃內留置時間過長，會產生酸臭腐敗的氣味，通過口腔散發出來。反流性食管炎等胃病還可導致病理性口臭，黏附在口腔、咽喉部位的嘔吐物不停釋放“酸氣”。通常在積極治療胃病後，口臭能得到顯著改善。
爛蘋果味——糖尿病丙酮酸中毒。
當一個人血糖超標，未加控制時，體內的脂肪分解，就會產生酮體，其中的α-酮戊二酸會發出一種酸酸的爛蘋果味道。當呼出這種氣味時，患者體內的酮體濃度已經非常高了，接近或達到糖尿病酮症酸中毒的水平，需要及時就醫，否則會有生命危險。
尿臊味——尿毒症。
尿臊味多是患有慢性腎炎或腎病的患者發出的。病程進展到慢性腎功能衰竭階段(俗稱尿毒症)時，由於無尿，某些毒性物質不能排出體外而潴留於血中，就會使病人呼出的氣體散發出尿味，這是病情趨於危重的信號。
排洩物臭味——肝衰竭。
肝衰竭時，肝髒代謝能力減弱，分解毒素的能力下降，導致血氨升高，使口中出現略帶甜味的排洩物臭味，又被稱為“死亡的氣息”。體內某些支鏈氨基酸代謝能力減弱，還會導致爛蘋果味。
腐腥臭——肺癌。
肺部感染、支氣管炎、肺膿腫、慢性氣管炎、肺炎、肺氣腫甚至肺癌都會引起不同程度的口臭。這些氣味多由積攢於肺部的黏液所致。其中，肺膿腫患者常伴有腐酸性口臭，這類患者往往有發燒、膿性痰等，胸片檢查一般能確診；肺結核咯血、支氣管擴張咯血者常出現血腥味口臭；晚期肺癌患者常於口腔及呼氣中出現腐腥臭。
值得一提的是，煙民往往多有一種讓人容易識別的口臭。即使不吸煙，其他人也能通過口臭判斷他是個煙民。這類口臭是留存於肺部解剖死腔的煙霧隨著煙民的呼吸運動逐步呼出，產生帶著“煙味”的口臭。當煙民同時患有肺部疾病時，由於死腔體積進一步增大乃至產生病理死腔，其臭味可能更為顯著。
此外，還有些口臭是心理疾病所引起的，如自主神經失調導致的焦慮、失眠或某些精神疾病。
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